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解析:1.招标文件内容还应该包括：招标公告、评标办法、合同条款及格式、工程量清单、其他材料。
施工招标文件应包括以下内容：招标公告(或投标邀请书)、投标人须知、评标办法、合同条款及格式、工程量清单、图纸、技术标准和要求、投标文件格式、规定的其他材料。
2.(1)设有最低投标限价并规定低于投标限价作为废标处理不妥。《招标投标法实施条例》规定，招标人不得规定最低投标限价。
(2)招标人不对工程量清单的正确性和准确性负责不妥。招标人应该对其编制的工程量清单的正确性和准确性负责。
(3)招标文件规定招标人在投标截止日后的90日内完成评标和公布中标候选人工作不妥，应当在投标有效期内完成组织评标、确定中标人和签订合同。
3.针对事件1,招标人应对有异议的清单进行复核，如有错误，应当暂停招标投标活动，招标人统一修改并把修改情况通知所有投标人。
针对事件2,招标人应同意投标人的要求，在5日内退还投标保证金。
根据《招标投标法实施条例》第三十五条，投标人撤回已提交的投标文件，应当在投标截止时间前书面通知招标人，招标人已收取投标保证金的，应当自收到投标人书面撤回之日起5日内退还。
投标截止后投标人撤销投标文件的，招标人可以不退还投标保证金。
4.针对事件3,评标委员会不接受投标人主动提出的澄清、说明和补正，仍然按照原投标文件进行评标。
针对事件4,评标委员会可认为投标人E、F串通投标，投标文件视为废标。