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主要的分析、比较包括：实际与预算的比较;年度内各月份数据的比较及趋势分析;年度间数据的比较及趋势分析;账户间关系分析;财务和经营比率与前期、同类经营机构的分析比较；审计人员通过比较和分析各项指标所发现的异常情况，应引起充分关注，从而有针对性地采取更详细的审计程序来审查重点领域。

2.描述和分析内部控制设计的恰当性

审计人员应采用绘制流程图、文字说明等方式描述被审计单位现有的内部控制制度。

审计人员应在认真研究、分析被审计单位现有内部控制系统的相关制度、规定等文件的情况下，对内部控制系统设计的恰当性进行评价。

3.初步分析和评价内部控制执行的有效性

3.1审计人员可采用内部控制调查表或询问相关人员等方式获得内部控制执行情况的相关信息。

3.2审计人员可采用对经营活动进行“穿行测试”或小样本测试的方式，初步评价内部控制系统的执行情况。

“穿行测试”是审计人员针对关键控制点，选取一定的交易和经营活动进行程序测试或文件测试(根据组织的记录来追踪选定测试项目的整个过程)。

小样本测试是选择较少的样本量对选定项目进行测试、复核，以测试真实性，了解经营活动的实际处理是否与预期一致。

3.3研究信息系统的控制制度、进行信息系统的相关测试。

信息系统的内部控制涉及到被审计活动的信息收集、处理、传递和保管各个环节。

尤其是集团各下属医院的信息系统控制的有效性、恰当性直接影响其资金、资产安全及财务信息等的准确、完整性。

审计人员应对被审计单位信息系统的内控制度进行全面熟悉与分析，并根据实际情况进行相关的测试。

3.4分析重大风险领域，确定重点审计的范围及方法。

通过对内部控制系统进行描述和测试后，审计人员应对被审计单位的内部控制情况进行分析并做出初步评价，评估风险，确定控制薄弱环节以及审计的重点。

步骤五：实质性测试及详细审查

1.实质性测试及详细检查是在对内部控制的初步评价基础上，运用适当的审计技术详细审查、评价被审计单位的经营活动。

2.审计人员应收集充分的、可靠的、相关的和有用的审计证据(包括文件、函证、笔录、复算、询问等)，进行审核、分析与研究，形成审计判断。

一般应包括以下内容：

加总相关明细账户余额与总账余额比较核对二者是否一致。

运用统计抽样，抽查会计记录，从凭证到账户。

巡视库房，抽查清点库存药品、器材等账面存货，确定存货的保管情况以及存货资产的存在性、完整性及计价的准确性。

清查固定资产，确定资产的管理、使用情况以及增减值情况。

盘点现金，核对银行存款余额，确定货币资金的安全性及账实核对情况。

函证主要往来账户余额，选取无法函证或未取得回函的重要账户实行替代程序，确定往来结算的准确性。

审核收费系统的收入日报表、药品销售日报表、现金收入日报表，交叉核对并与系统核对一致。

审核各类经济合同，对重要合同签订的招、投标及执行情况进行审查与评价。

审查工程的预、决算资料，复算工程量，确定工程支出的合理性、准确性。

检查采购计划、采购合同与发票、入库单、付款支票是否一致。

采用分析性复核程序，审查成本计算的准确性、折旧计提的正确性等。

检查涉税项目，确定被审计单位是否遵守国家税收法律、法规及其他规定，是否按时、足额缴纳税款。

审核费用的发生情况、审批手续，确定其真实性、合法性、合理性。

其他审计程序

内部审计人员通过执行初步调查、符合性测试和详细审查，收集适当的、有用的及相关的审计证据，并通过分析与评价形成审计发现，并提出适当的审计建议。

步骤六：审计发现和审计建议

1.审计发现

审计发现应包括事实、标准及期望、原因及结果。

事实是指在审计过程中审计人员发现的实际情况、相关问题。

标准及期望是指评价这些问题所依据的相关政策、规范、考核目标、预算指标等。

原因是审计人员分析的实际情况与相关标准产生差异的原因。

结果是指实际情况与标准产生差异造成的影响及相关风险。

审计人员应用书面文字、相关图表等详细阐述相关的审计发现，审计人员成文的审计发现应有相关的审计证据来支持。

2.审计建议

审计人员应根据具体的内部控制情况及相关的审计发现提出具体的、适当的审计建议，以利于被审计单位完善内部控制、降低经营风险。

步骤七：审计报告

1.审计复核与监督

审计项目负责人应对审计人员的审计工作底稿及收集的相关证明资料进行详细的复核，并对审计人员实施的相关审计程序进行适当的监督和管理。

2.整理审计工作底稿及相关资料，编写意见交换稿

外勤工作中，审计人员应对编制的审计工作底稿及收集的相关文件、报表、记录等证据资料及时整理、归类。

审计人员应根据统一的标准对审计工作底稿及证据资料编制索引号，以便查阅。

召开退出会议前，审计项目负责人应编写详细的意见交换稿，也可以编制审计报告初稿代替。

意见交换稿应简要说明项目的审计目标、审计范围、实施的审计程序，并对具体的审计发现和初步的审计建议进行详细阐述。

3.与被审计单位交换意见

与被审计单位的沟通包括重大问题的沟通及退出会议上的意见交换。

重大问题主要是指，在审计过程中发现的正在进行的重大违规或对集团利益造成严重损害的问题。