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我国科研院所经历了两次大的改革。全国第一轮科研院所改革始于1985年。1985年3月13日，中共中央正式发布《中共中央关于科技体制改革的决定》（中发〔1985〕6号），确定了院所分类改革的基本方向。本轮科研院所以科技与经济结合为目标，以科研机构的市场化为主要内容，鼓励中国科学院、高等学校和各部委、地方所属从事技术开发的研究机构同企业、设计机构建立各种形式的联合，包括合并。第二次科研机构体制改革是在1998年国务院机构改革后。此轮改革，以技术开发类科研机构企业化转制为突破口，首批为原国家经贸委管理的10个国家局所属242家院所，稍后是国家11个部门（单位）所属134家院所。参照国家级科研院所的转制方案，省级政府推进了地方科研院所的整体转制和部分转制工作。改革后国有科研院所大幅减少，近2000家科研机构转制，其中超过80%的机构转制为科研企业，也有的并入高等院校、转为其他事业单位或中介服务机构以及被撤销。

2001年以来，根据中央和国务院的部署，按照分类改革的原则，国务院部门属社会公益类科研机构改革工作全面启动，支持具备条件的科研院所与大学联合或转为其他事业单位，加强资源重组和优势互补；积极支持具有面向市场能力的院所向企业化转制。各地方也结合自身情况进行了积极探索。2006年1月26日，中共中央、国务院发布《关于实施科技规划纲要增强自主创新能力的决定》，要求进一步深化应用开发类科研机构企业化转制改革，继续推进社会公益类科研机构分类改革。

在国家科技创新体系的建设中，科研院所体制改革不断深化，基础研究类科研机构也被推到了前面。

2014年8月19日，中国科学院通报“率先行动”计划，公布一系列全面深化改革的措施。中国科学院百余个科研院所将启动重组，重新组建创新研究院、卓越创新中心、大科学研究中心、特色研究所等四大类现代科研机构。对于以基础研究为主的科研院所，将更多地和中科院所属的3所大学进行融合，其他院所则将进行重组。对于那些科研成果长期不显著，没有竞争力和影响力的个别院所，面临剥离、调整和重新整合。

2015年10月24日，国务院正式印发《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》（国发〔2015〕64号），启动了“双一流工程”，对中国高校的师资建设、人才培养和科学研究、成果转化提出了更高的要求。

在科研院所体制改革和“双一流”建设的大背景下，山东省大步推进高等教育科教融合发展。

山东高等教育一直存在“有山无峰”“山多峰少”的局面，全省仅有3所部属高校6个学科进入国家“双一流”建设名单，省属高校无一入选，高水平大学和标志性学科数量少。而山东省科学院、山东省医学科学院等一大批科研院所，科研实力雄厚、资源丰富。通过科教融合充分利用科研资源进行优势互补，提升办学质量，在“双一流”建设中争取话语权，成为山东高等教育改革发展的必然选择。

2016年4月22日，山东发布《山东省委办公厅 省政府办公厅关于推进高等教育综合改革的意见》，启动“双一流”建设计划，提出按照学科分类，整合省属科研院所和高校教育科研资源，集聚资源优势，形成发展合力，促进高水平大学建设，2016年选择2所学科特点突出、基础条件较好的科研院所先行试点，积累经验，逐步推开。2016年4月底前，制定统筹推进一流大学和一流学科建设总体方案，6月底前制定科研院所与高等学校资源整合试点方案。

2016年10月8日，山东师范大学与山东省科学院签署战略合作框架协议，双方共建山东师范大学-山东省科学院工学院。共建工学院后，申请工学类硕士学位授权点和博士学位授权点也是双方合作目标。山东师范大学科技处处长毕华林曾经透漏，山东师范大学与山东省科学院共建工学院后，下一步可能会与山东省农业科学院展开合作，具体的合作形式还未确定。

2016年10月24日，山东省机构编制委员会办公室下发《关于省内燃机研究所并入山东交通学院的通知》，将山东省内燃机研究所整建制并入山东交通学院，不再转企改制。山东省内燃机研究所64名在职人员并入山东交通学院，纳入山东交通学院人员控制总量管理，其事业身份记录在案；离退休人员统一由山东交通学院服务和管理；山东省内燃机研究所资产、债券债务一并划转山东交通学院。至此，历时半年经过“调研-启动-申请-批复-筹备-并入”等阶段，完成了山东省内燃机研究所整建制并入山东交通学院。